Desenho alvo_ok

Alvo alvo_ok · 216 pb · alvo_sintetico_ok · busca determinística: mesma entrada, mesmo resultado

Candidatos computacionais, não validados experimentalmente. A definição do conjunto que vai ao tubo é da equipe biomédica (ADR-0013).

Busca

Candidatos por região

F3 35 F2 35 F1 22 B1c 20 B2c 32 B3c 32

6 núcleos F2–B2c examinados Alvo inteiro percorrido

Ranking

Agrupar variantes do mesmo núcleo

# Pontuação Desvio Tm Pior dímero F1c B1c LB Avisos

1 0,29 0,28 °C −0,03 76–99 106–128 — sem LF, sem LB 2 1,02 0,74 °C −0,56 92–113 (+16) 119–140 (+13) — sem LF, sem LB 3 1,45 0,41 °C −2,08 92–113 (+16) 122–145 (+16) — sem LF, sem LB 4 5,97 0,43 °C −2,08 76–99 122–145 (+16) — sem LF, sem LB

Pontuação = desvio da Tm de referência (PrimerExplorer V5) ao centro da faixa, somado nas seis regiões + penalidade de F2–B2 fora da faixa preferida + peso × max(0, −ΔG do pior dímero com ponta 3′ entre os primers do tubo, laços incluídos, na temperatura da reação). Peso do dímero provisório: ordena, não reprova. Cada proposta vem de um núcleo F2–B2c diferente. Regiões destacadas diferem da proposta 1.

As faixas de Tm de referência (F3/B3 59–61, F2/B2 59–61, F1c/B1c 64–66 e loops 64–66 °C) filtram os candidatos do desenho e ainda estão a calibrar. Ver em Parâmetros

Proposta 3

fita + · 216 pb · coordenadas a partir de 1 · autoverificada contra as mesmas regras da análise

sem LF

B1c

sem LB

B2c

B3c

120

160

200

216

Primer	Sequência 5′→3′	Região	nt
F3	TGACAGACTCTCCTTAGATAGCTAA	2–26	25
B3	AAAGGCGTTGTTGCTGGAT	B3c 196–214	19
FIP	CCCTTGCCAAGTAAACCCCCAA·CATTACATAACATACACGTCAGCAC	F1 92–113 · F2 49–73	47
BIP	CGTCCACCAGTGTGAATCGCTTAA·TGTCTGTTATGCATCACAGCAA	B1c 122–145 · B2c 174–195	46
LF	—	sem candidato	—
LB	—	sem candidato	—

Sem LF: nenhuma janela de 15–25 nt entre F2 e F1 (posições 74–91) passou nas regras de loop. Sem LB: nenhuma janela de 15–25 nt entre B1c e B2c (posições 146–173) passou nas regras de loop. FIP = F1c + F2 e BIP = B1c + B2, sem ligante.