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LAMP Primers conjunto_ok × alvo_ok
Tubos Parâmetros Só nesta máquina

Análise conjunto_ok × alvo_ok

8 primers · alvo alvo_ok, 216 pb · K⁺ 50 mM, NH₄⁺ 20 mM, Mg²⁺ 8 mM, dNTP 1,4 mM cada, 65 °C

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8 Primers lidos
8 Violações 6 de Tm
6 de 6 Regiões localizadas
7 de 7 Distâncias

Mostrar Tm fora da faixa como calibração

Regiões no alvo

fita + · 216 pb · coordenadas a partir de 1 · F1, B2c, B3c e LF são lidas pelo complemento reverso do primer

Distância Medida Faixa Medida dentro da faixa Situação
F3 → F2 10 nt 0–60 dentro
F2 → F1 50 nt 40–60 dentro
F1 → B1c 5 nt 0–1000 dentro
B1c → B2c 50 nt 40–60 dentro
B2c → B3c 10 nt 0–60 dentro
F2 → B2 146 nt 120–180 dentro
F3 → B3 206 nt 120–280 dentro

Primers

Tm na convenção do PrimerExplorer V5, a das faixas da Eiken · Tm da reação só informativa (F1c e B1c como dobramento) · ΔG de ponta a 37 °C · grampo e homodímero na temperatura da reação

Primer Sequência 5′→3′ Região nt GC % Tm °C Tm reação ΔG ponta Grampo Tm / ΔG Homodímero Situação
F3 GTGACAGACTCTCCTTAGATA 1–21 21 42,86 54,94 58,75 −2,56 3′ — −0,61 2 violações
B3 TGTTGCTGGATTGTCTGTT 188–206 19 42,11 56,61 60,74 −4,41 3′ — 0,03 1 violação
F2 CGCATATGGATTCTGTAC 32–49 18 44,44 51,27 59,09 −4,23 3′ — −0,23 1 violação
F1c GTAAACCCCCAAGTGTTATTGG 82–103 22 45,45 58,90 72,17 −3,50 5′ — 2,72 2 violações
B2 GCAATAGTATAAAGTCTCGC 158–177 20 40,00 52,89 59,66 −6,28 3′ — 1,60 1 violação
B1c AAGGGTAATTCTCCGTCCA 109–127 19 47,37 57,17 71,94 −5,34 5′ — −0,27 1 violação
FIP GTAAACCCCCAAGTGTTATTGG·CGCATATGGATTCTGTAC — 40 45,00 — — — — −2,93 só métricas
BIP AAGGGTAATTCTCCGTCCA·GCAATAGTATAAAGTCTCGC — 39 43,59 — — — — −0,53 só métricas

FIP e BIP são montados das partes, sem ligante. Tm e ΔG de ponta não se aplicam a um primer quimérico.

Violações 8

Composição e alvo · 2

  • F3 ΔG da ponta 3′ −2,56 kcal/mol máximo −4
  • F1c ΔG da ponta 5′ −3,50 kcal/mol máximo −4

Tm fora da faixa · 6

  • F3 54,94 °C faixa 59–61
  • B3 56,61 °C faixa 59–61
  • F2 51,27 °C faixa 59–61
  • F1c 58,90 °C faixa 64–66
  • B2 52,89 °C faixa 59–61
  • B1c 57,17 °C faixa 64–66

Heterodímeros

ΔG em kcal/mol do dímero com a ponta 3′ de um dos primers pareada, na temperatura da reação · mais negativo = mais estável · diagonal = homodímero pela ponta 3′ (a coluna Homodímero da tabela é o melhor alinhamento em qualquer ponto)

Primer F3 B3 FIP BIP
F3 1,37 4,33 4,47 2,48
B3 4,33 1,10 0,35 1,53
FIP 4,47 0,35 0,52 −1,03
BIP 2,48 1,53 −1,03 0,13
> −4 −6 a −4 −8 a −6 −10 a −8 ≤ −10

Par mais estável: FIP × BIP, −1,03.

Hoje o dímero só ordena propostas no desenho — não reprova, porque o limiar ainda não foi definido.