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LAMP Primers conjunto_ok × alvo_ok
Tubos Parâmetros Só nesta máquina

Análise proposta 1 do desenho 1 × alvo_ok

8 primers · alvo alvo_ok, 216 pb · K⁺ 50 mM, NH₄⁺ 20 mM, Mg²⁺ 8 mM, dNTP 1,4 mM cada, 65 °C

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8 Primers lidos
0 Violações
6 de 6 Regiões localizadas
7 de 7 Distâncias

Mostrar Tm fora da faixa como violação

Regiões no alvo

fita + · 216 pb · coordenadas a partir de 1 · F1, B2c, B3c e LF são lidas pelo complemento reverso do primer

Distância Medida Faixa Medida dentro da faixa Situação
F3 → F2 0 nt 0–60 dentro
F2 → F1 49 nt 40–60 dentro
F1 → B1c 6 nt 0–1000 dentro
B1c → B2c 41 nt 40–60 dentro
B2c → B3c 25 nt 0–60 dentro
F2 → B2 143 nt 120–180 dentro
F3 → B3 212 nt 120–280 dentro

Primers

Tm na convenção do PrimerExplorer V5, a das faixas da Eiken · Tm da reação só informativa (F1c e B1c como dobramento) · ΔG de ponta a 37 °C · grampo e homodímero na temperatura da reação

Primer Sequência 5′→3′ Região nt GC % Tm °C Tm reação ΔG ponta Grampo Tm / ΔG Homodímero Situação
F3 TGACAGACTCTCCTTAGATAGCTAA 2–26 25 40,00 59,98 62,85 −4,32 3′ — −1,15 ok
B3 AAGGCGTTGTTGCTGGATT 195–213 19 47,37 59,99 64,22 −4,41 3′ — 0,38 ok
F2 AGACACGCATATGGATTCTGTAC 27–49 23 43,48 59,98 65,89 −4,23 3′ — −0,23 ok
F1c ACCCCCAAGTGTTATTGGCAAGTT 76–99 24 45,83 65,10 76,44 −6,79 5′ — −1,04 ok
B2 ATAAAGTCTCGCCTTACTTAACCC 146–169 24 41,67 60,05 65,66 −4,69 3′ — −0,69 ok
B1c GGCAAGGGTAATTCTCCGTCCAC 106–128 23 56,52 65,09 78,76 −5,85 5′ — −0,32 ok
FIP ACCCCCAAGTGTTATTGGCAAGTT·AGACACGCATATGGATTCTGTAC — 47 44,68 — — — — 10,80 só métricas
BIP GGCAAGGGTAATTCTCCGTCCAC·ATAAAGTCTCGCCTTACTTAACCC — 47 48,94 — — — — −1,55 só métricas

FIP e BIP são montados das partes, sem ligante. Tm e ΔG de ponta não se aplicam a um primer quimérico.

Violações 0

Nenhuma violação.

Heterodímeros

ΔG em kcal/mol do dímero com a ponta 3′ de um dos primers pareada, na temperatura da reação · mais negativo = mais estável · diagonal = homodímero pela ponta 3′ (a coluna Homodímero da tabela é o melhor alinhamento em qualquer ponto)

Primer F3 B3 FIP BIP
F3 1,44 1,17 −0,03 0,53
B3 1,17 1,64 0,35 2,43
FIP −0,03 0,35 0,52 3,64
BIP 0,53 2,43 3,64 −1,55
> −4 −6 a −4 −8 a −6 −10 a −8 ≤ −10

Par mais estável: BIP × BIP, −1,55 (homodímero). Entre primers distintos: F3 × FIP, −0,03.

Hoje o dímero só ordena propostas no desenho — não reprova, porque o limiar ainda não foi definido.